Academy City é uma metrópole nada comum: mais de 80% de seus habitantes são estudantes, e a maioria deles desenvolveu poderes psíquicos através de treinamento científico avançado, classificados por nível de habilidade. No topo dessa hierarquia estão os “Nível 5”, os sete espers mais poderosos da cidade, mas Kamijou Touma não está entre eles. Na verdade, ele carrega uma habilidade tão estranha que nem é catalogada como poder de verdade: a Imagine Breaker, uma mão direita capaz de anular qualquer fenômeno sobrenatural, seja magia, poder esper ou até milagre divino, só de tocar.
Só que anular poder alheio tem um preço alto: junto com a habilidade, Touma carrega um azar monumental, que parece atrair confusão pra cima dele o tempo todo. E é esse azar que o coloca, literalmente, no caminho de Index, uma freira inglesa fugindo de um grupo de magos, carregando na memória 103.000 grimórios proibidos que, se caírem em mãos erradas, podem desencadear guerra entre facções religiosas inteiras.
A partir desse encontro, Touma se vê arrastado pra um conflito que ele nunca pediu pra fazer parte: o confronto silencioso entre o mundo da ciência, que domina Academy City, e o mundo oculto da magia, que insiste em invadir o território científico através de Index e de todo tipo de perigo que a persegue.
Entre proteger a garota amnésica que só se lembra do próprio nome, lidar com colegas espers problemáticos e sobreviver ao próprio azar, Touma descobre que sua mão capaz de negar qualquer poder pode ser exatamente o que esse mundo dividido precisa, ou o estopim pra uma guerra ainda maior.
